液相色譜儀進樣閥在進樣過程中，必須是非常清潔的，否則得不到較好的結果。進樣閥切換到進樣位置后，要在此位置保持一段時間，使流動相充分沖洗樣品定量管，這樣可以保證有較高的度，而且不用另外再沖洗樣品定量管。這種由色譜儀器控制的沖洗顯然要比手動沖洗更好些。
注意：沖洗需要的流動相體積至少為所進樣品體積的10倍。
當樣品定量管經過充分的沖洗后，可以將旋柄轉回取樣位置，也可以繼續保持在進樣位置，到下次取樣前才切換回取樣位置。在切換回取樣位置時，將樣品進樣針或微量樣品進樣針從進樣閥中拔出。
如果已發現液相色譜儀有嚴重的交叉污染現象，請檢查是否有下列原因造成：
1.使用的注射針頭長度不夠(針頭的長度至少要5cm)，注射針末端不能到達定子表面。
2.注射針沒有充分插入注射針導入口。
3.注射針導入口內的污染物或針頭密封磨損下來的削片，使注射針頭末端不能接觸定子表面。
為防止交叉污染，正常情況下不必每次進樣后都沖洗進樣閥注射針導入口。進樣閥內根據設計的直接連接進樣孔，可以使注射針頭的前端直接連接到樣品定量管的末端，沒有其他空間供樣品殘留。這樣在下一次進樣時，就不會有上一次殘留的樣品進入樣品定量管。
如果不考慮交叉污染，每進樣10次或20次沖洗一下注射針導入口，這樣可以保證注射針導入管內充滿流體。在注射針插入或拔出的過程中，清洗注射針頭或稀釋污染這一區域的樣品的同時也使注射針導入口和樣品溢出5#口充滿流體，從而防止空氣進入樣品管。
