離子色譜儀維護主要就是幾大部件的維護，按照流路順序可以參考以下幾點：
濾頭：流動相起始部位，長期置于超純水中，保持濕潤狀態，但是水是容易變質的，所以要經常換水，以免生出藻類和菌類堵塞濾頭，造成系統壓力升高，或者會吸入泵頭內造成單向閥的污染，引起壓力不穩，流速不定。
恒流泵：每天做完實驗對泵頭進行清洗和后沖洗是很重要的，泵頭內比較重要的部件就是單向閥，寶石桿，高壓密封圈，一般出問題的地方也是這幾個地方，使用堿性試劑很容易結晶，容易劃傷這些部位，所以要保證完整充分的清洗。如果長期不使用儀器，也要定期進行清洗工作。
進樣閥：進樣閥如果污染了會很容易造成堵塞和一些莫名其妙的問題，所以每次做完實驗最好是對進樣閥進行一些清洗工作，避免殘留和污染，清洗完后想辦法蓋上進樣口，防止灰塵污染。
色譜柱：色譜柱在淋洗液的環境中密封保存就可以了，盡量避免用水去沖洗，因為色譜柱在酸性或者堿性條件下更容易抑制細菌的生長，而且更接近于使用環境，如果純水保存很容易變質，另外色譜柱最難承受有機物和重金屬的干擾，進樣品盡量避免此兩種物質進入。如果長時間不使用色譜柱，也要定期使用淋洗液進行清洗，防止內部干燥和細菌生長。
抑制器：抑制器最重要的是內部要保持濕潤，所以如果長期不使用一定要定期進行沖洗，沖洗完畢后將幾個與大氣相同的端口封閉保存。另外如果沒有液體經過抑制器時，絕對不能開電流，否則內部的交換膜會被電解干裂，造成損壞。
電導檢測器：也是定期沖洗，如果你一段時間不使用儀器，你可能會看到電導值居高不下，就是因為抑制器內或者電導池內的水變質引起的，多沖洗一下就會降下來，但是也說明了維護不夠，最好是定期通水維護為好。
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